Во-первых, полная проверка сайта может занимать очень много времени. Большинство хостингов ограничивает время выполнения скриптов, поэтому в 90% случаев проверка не происходит до конца и вы можете так и не узнать в каком файле вирус.

Во-вторых, зачем проверять все файлы сайта, если они не изменялись? Вам достаточно первый раз проверить весь сайт целиком, а потом проверять только изменившиеся файлы. Ведь если файл не изменялся, значит в нем не может быть вирусов. А если наш монитор файлов показывает, что файлы не менялись, то вообще нет необходимости делать проверку на вирусы.

Именно поэтому мы рекомендуем проверять только измененные файлы.